پس از حذف تیم فوتبال تراکتورسازی از رقابت‌های جام حذفی مدیرعامل این باشگاه در اقدامی بحث برانگیز از سمت خود استعفا داد تا یکی از باشگاه‌های پرمخاطب فوتبال ایران گرفتار چالش مدیریتی شود، هرچند جعفری از مسوولیت خود کناره گیری کرد اما پیش بینی می‌شود وی در صورت میانجیگیری هیات مدیره دوباره به مسوولیت خود بازگردد.
به گزارش فرهنگ نیوز به نقل از رجا، وقتی خبر استعفای جعفری روی سایت رسمی تراکتورسازی منتشر شد هیچ یک از نزدیکان وی باور نمی کردند مدیرعامل باشگاه چنین تصمیمی گرفته باشد اما محمدحسین جعفری مدیرعامل باشگاه تراکتورسازی پس از حذف برابر داماش در ضبات پنالتی از سمت خود استعفا داد.
در متن کامل نامه مدیرعامل باشگاه تراکتورسازی آمده است:
«در طول حضور ۲.۵ ساله‌ام به عنوان فرزند دیار غیور آذربایجان سعی در افتخارآفرینی برای مردم مهربان و طرفداران تراکتور داشته‌ام اما امروز احساس می‌کنم که گفته مجری خوب صدا وسیما آقای ساعی صحیح و به‌جاست که بعد از اتمام بازی داماش ـ تراکتور در جام حذفی گفتند: «به اندازه کافی صدا و سیما و سایت‌ها سکوت کرده‌اند و به مدیرعامل فرصت داده‌اند...» بله، من قبول دارم که اگر پنالتی‌زن خوب می‌آوردم و یا دیوار دفاعی خوبی آماده حضور در میدان داشتم، تراکتور حتما برنده این بازی بود و به هر حال مسئولیت حذف تیم پرقدرت تراکتور از جام حذفی را می‌پذیرم و عذر می‌خواهم.
بنده تا زمانی که فکر می‌کردم بودنم مفید و موثر است با مشکلات جنگیدم اما حالا که به گفته نماینده صدا و سیما، مشکل بنده‌ام دیگر نمی‌خواهم با بودنم باعث تضعیف تیم پرقدرت و محبوب تراکتورسازی باشم که مطمئنم یکی از مدعیان اصلی لیگ برتر بوده و خواهد بود.
از خدای منان آرزومندم با حضور مدیری با قدرت و توانمند که در خطه آذربایجان هم کم نیست، روند رو به رشد تیم تراکتورسازی همچنان ادامه یابد و وجدانم راحت است چرا که همه داشته‌هایم را وقف تراکتور، هواداران و شادی مردم کردم.
از تمام هواداران عزیز تراکتور که جعفری را تاکنون حمایت کرده و مشوق او برای مبارزه با مشکلات و ارتقای جایگاه تراکتور در فوتبال ایران بوده‌اند، سپاسگذارم و از آنها حلالیت می‌طلبم».
