در اول ماه مه سال 1925، اوتیمیو پرز، مهاجر اهل کاتالونیا باشگاهی را در شهر گوایاکیل مرکز ایالت گوایاس، در غرب کشور اکوادور تاسیس کرد. پرز یک هوادار بارسلونا بود و به همین دلیل نام بارسلونا اسپورتینگ کلوب را برای باشگاه تازه تاسیسش، انتخاب کرد. به این ترتیب 26 سال پس از تاسیس بارسلونا به وسیله خوان گمپر در سال 1899، بارسلونایی دیگر در غرب اکوادور متولد شد. اوتیمیو پرز، تنها نبود و اعضایی از جوانان اسپانیایی که دوستان او بودند، در کنارش قرار داشتند و اعضای هیئت مدیره باشگاه نوپا را به پاس خدمات جامعه کاتالونیا به شهر گوایاکیل، تشکیل دادند. اوتیمیو پرز، والنتین سالا، آرتورو کالدرون، لوئیز رودریگز، ویکتور اولورا و چندین تن دیگر به همراه ویکتوریا آرتگا که تنها با 14 سال سن، کوچکترین عضو هیئت مدیره بود. آرتگا 7 سال بعد در 21 سالگی، ریاست باشگاه را بر عهده گرفت و تبدیل به جوانترین رئیس تاریخ باشگاه شد. پرز خود را به عنوان اولین سرمربی تیم معرفی کرد و در ابتدا پیراهن مشکی را برای تیم انتخاب کرد. دو سال بعد و در سال 1927، به دلیل وجود تیمی مشابه با پیراهن مشکی، پرز مجاب شد رنگ دیگری را برای پیراهن های تیم انتخاب کند و به این ترتیب، رنگ زرد با رگه های قرمز، که نمایانگر پرچم ایالت کاتالونیا بود، برای بارسلونا انتخاب شد.
بارسلونا اس سی یا بارسلونا گوایاکیل، تنها به فوتبال محدود نمی شد و اوتیمیو پرز روی سرمایه گذاری روی رشته های دیگری هم فکر کرده بود. به طوری که امروزه این باشگاه در رشته های بوکس، بولینگ، بسکتبال، والیبال، شنا، تنیس، دو و میدانی و بیس بال هم در کنار فوتبال فعالیت می کند. بارسلونا بلافاصله پس از تاسیس، در رقابت های ورزشی فدراسیون اکوادور شرکت کرد و در سال نخست یک نایب قهرمانی را به ارمغان آورد. بارسلونا به حضور خود در رقابت های آماتوری منطقه ای در دهه های 20 و 30 ادامه داد و در این فاصله رشد بسیاری کرد و اعضا و هواداران خود را افزایش داد. اولین دیدار آنها در 15 ژوئن 1925 و مقابل تیم ایاکوچو برگزار شد. در دهه 40 محبوبیت بارسلونا با پیروزی هایی در مقابل دپورتیوو کالی و میلیوناریوس کلمبیا افزایش یافت. ضمن اینکه اولین بازی رسمی بین المللی آنها در مارس 1931 مقابل دپورتیوو کالی بود که بارسلونا به برتری 4-3 دست یافت. در اوایل دهه 40 بارسلونا پیراهن های زرد رنگ را کنار گذاشت و برای چندین سال، پیراهن سنتی آبی اناری، که رنگ پیراهن های بارسلونای اصلی به شمار می رفتند، به عنوان رنگ پیراهن های اصلی آنها انتخاب شدند. ضمن اینکه لوگوی باشگاه که طرحی از پرچم کاتالونیا (سِنیِرا) و صلیب سنت جورج بودند، تغییر کردند و به شکل لوگوی کاتالان ها، با اندکی تغییر در آمدند.
بارسلونا بین اوایل دهه 50 تا اواخر دهه 60، به 5 عنوان منطقه ای رسید و چندین عنوان قهرمانی دیگر هم کسب کرد. در سال 1957، لیگ اکوادور به وسیله فدراسیون فوتبال اکوادور، با شرکت تنها 4 تیم افتتاح شد. بارسلونا، امِلِک، دپورتیوو کیتو و آئوکاس تیم های شرکت کننده بود. املک همشهری بارسلونا به شمار می آمد و آنها همچین از دیرباز و از همان دوران رقبای سنتی هم بودند، رقابتی که تا امروز هم ادامه دارد و آنها کماکان رقبای هم و البته پرافتخارترین تیم های کشور هستند. در لیگ نخست این املک بود که با کسب 6 امتیاز، اولین جام را کسب کرد و بارسلونا با 5 امتیاز نایب قهرمان شد. با وجود عدم قهرمانی بارسلونا، سیمون کانیارته از بارسلونا با 4 گل زده، اولین آقای گل لیگ اکوادور معرفی شد. لیگ اکوادور در دو سال آینده و در سال های 1958 و 1959 برگزار نشد و در سال 1960 زمانی بازگشت که بارسلونا در لیگ 8 تیمی و منظم تری، اولین عنوان قهرمانی خود را کسب کرد. این یک موفقیت بزرگ بود. با علم به همین موضوع محبوبیت بارسلونا به شکل عظیمی افزایش یافت.
در اوایل دهه 70 بارسلونا به عنوان اولین تیم اکوادوری پای به رقابت های لیبرتادورس گذاشت، اما توفیقی با وجود دو صعود به نیمه نهایی گروهی رقابت ها، به دست نیاورد. با این حال در سال 1971 ستاره بزرگی به خدمت آنها در آمد. آن ستاره آلبرتو اسپنسر نام داشت. اسطوره بزرگ فوتبال اکوادور و البته اروگوئه که پیراهن هر دو تیم ملی را پوشیده بود. اسپنسر بزرگ تا سال 1972 در بارسلونا ماند و سپس از فوتبال خداحافظی کرد. دست آوردهای او بزرگ بودند. او عضوی از ناسیونال بزرگ دهه 60 بود. او در جام بین قاره ای سال های 1960 و 1966 روبه روی رئال مادرید قرار گرفت و موفق شد 4 گل به ثمر برساند و عناوین بسیاری با ناسیونال کسب کرد. ضمن اینکه اسپنسر، بالاتر از بزرگان زیادی، بهترین گلزن تاریخ کوپا لیبرتادورس شناخته می شود.
پس از جدایی اسپنسر، خشکسالی در ادامه دهه 70 به سراغ بارسلونا آمد و آنها تا سال 1980 در کسب عنوان قهرمانی ناکام ماندند و در این مدت ال ناسیونال و املک، به تعداد قهرمانی آنها در اکوادور رسیدند. سال 1980، آغاز احیای بارسلونا بود. آنها در سال های 1980، 1981، 1985، 1987 و 1989 به مقام قهرمانی لیگ رسیدند. ضمن اینکه در سال های 1986 و 1987، دو مرتبه متوالی دوباره تا نیمه نهایی لیبرتادورس بالا آمدند، اما باز هم در راه رسیدن به فینال، ناکام ماندند. سال 1987 سال بزرگی برای بارسلونا بود. آنها علاوه بر عنوان قهرمانی لیگ، استادیوم 90 هزار نفری مونومنتال را تاسیس کردند. این یک جهش بزرگ به شمار می رفت. مونومنتال پس از استادیوم معروف ماراکانا، دومین استادیوم بزرگ آمریکای جنوبی بود و مشتاقان بارسلونا، حالا می توانستند در خانه جدید، حضور بیشتر و پرشورتری داشته باشند.
در سال 1988، آنها از بارسلونا برای یک دیدار دوستانه در مومنتال جدید دعوت کردند. دیدار دو هم خانواده در میان شور و شوق فراوانی برگزار شد و بارسلونا اکوادور 2-1 بارسلونای اصلی را شکست داد. گل دوم آنها جنجال برانگیز بود، زمانی که مشخص شد توپ از خط دروازه عبور نکرده است! گرچه این گل با اعتراض کاتالان ها همراه بود، اما پیوند دو تیم و تقابل آنها صحنه های زیبایی را به وجود آورد.
در سال 1990، بارسلونا با تغییرات مدیریتی جدیدی مواجه شد. رویکرد مدیریت جدید، مثبت بود. در آن تیم بارسلونا، بازیکن قابلی مانند مارسلو تروبیانی آرژانتینی، قهرمان جام جهانی 1986 و ماریو سارالِگی اروگوئه ای، حضور داشتند و سرمربی بارسلونا را میگل بریندیسی، بازیکن صاحب نام سابق تیم ملی آرژانتین برعهده داشت. بارسلونا در آن سال با پشت سر گذاشتن رقبا، بالاخره به فینال لیبرتادورس رسید و اولین تیم اکوادوری لقب گرفت که به فینال معتبرترین جام باشگاهی آمریکای جنوبی می رسید. در نیمه نهایی و در دیداری جذاب و تماشایی آنها توانستند در ضربات پنالتی، ریورپلات پرقدرت را از پیش روی بردارند. دیداری که پس از صعود به فینال جشن دیوانه واری در مونومنتال برگزار کردند. بارسلونا در فینال خوش اقبال نبود و در دو دیدار رفت و برگشت، مغلوب الیمپیا پاراگوئه شد. بازی رفت در آسونسیون، با برتری دو گله الیمپیا پایان یافت و در دیدار برگشت بارسلونا با گل دقیقه 61 تروبیانی، امیدوار به بازگشت شد، اما رائول آماریا، مهاجم الیمپیا با گل دقیقه 80 خود، آرزوهای بارسلونا، برای قهرمانی آمریکای جنوبی را به باد داد.
دو سال بعد در نیمه نهایی مغلوب سائوپائولوی تله سانتانا شدند، که از بازیکنانی نظیر مولر، رای، کافو، زتی و پالینیارا سود می برد. در سال 1993 بارسلونا، کارلوس موخوز مهاجم خود را به علت سانحه رانندگی از دست داد و غم بزرگی را بر پیکره خود دید. بارسلونا به رشد خود در دهه 90 ادامه داد و در سال های 1991، 1995 و 1997، قهرمان اکوادور شد. 8 سال پس از شکست در فینال کوپا لیبرتادورس، آنها در سال 1998 برای دومین بار با پشت سر گذاشتن رقبا به فینال رسیدند. این بار رقیب آنها واسکو دوگاما بود که از ستاره جوانی به نام جونینیو بهره می برد. بارسلونا باز هم دستش از رسیدن به جام لیبرتادورس کوتاه ماند و در دو دیدار رفت و برگشت، مغلوب تیم برزیلی شد.
شکست مجدد در فینال، ناامید کننده بود و باعث افت و نزول بارسلونا در دهه اول قرن جدید شد. در نوامبر 2007، ادواردو ماروری برای دوره ای 4 ساله ریاست بارسلونا را بر عهده گرفت. شعار انتخاباتی ماروری، نوسازی بود. ماروری کارهای زیر بنایی بسیاری را از قبیل مالی و تجاری، در راستای احیای بارسلونا انجام داد و تغییرات او کاملا نتیجه داد. با وجود استعفای ماروری در سال 2010 به دلیل مشکلات خانوادگی، بارسلونا دئر در دوره ریاست آنتونیو نوبوا دوباره احیا شد. قدرت بزرگ فوتبال اکوادور، در سال 2012 دوباره به صدر افتخارات فوتبال اکوادور بازگشت و پس از 15 سال دوباره قهرمان اکوادور شد.
انتظار برای قهرمانی بعدی چندان طول نکشید و چهار سال بعد و در سال 2016، بارسلونا دوباره قهرمانی را تکرار کرد. آنها با احیای مجدد خود، فصل گذشته و در سال 2020 دوباره قهرمان شدند و در این فصل هم تا اینجای کار در صدر جدول لیگ اکوادور بالاتر از املک، رقیب قدیمی خود، قرار دارند. بارسلونا گروه های هواداری بسیاری در سطح اکوادور دارند و همواره بازی های خانگی آنها با شور و حرارت خاصی از سوی هوادارانش همراه است. هسته اصلی هواداران بارسلونا را اولتراهای گروه Sur Oscura، به معنی سیاه های جنوبی تشکیل می دهند که در ضلع جنوبی استادیوم مونومنتال مستقر هستند.
بارسلونا هم اکنون با 16 قهرمانی لیگ اکوادور پرافتخارترین تیم کشور و البته محبوب ترین تیم سراسر آن به شمار می رود. رقابت آنها با املک یکی از دربی های مهم آمریکای جنوبی است، رقابتی که به ال کلاسیکو دل آستیلرو شهرت دارد. بافت بارسلونا برای دهه ها بدون تغییر مانده. تیمی قدیمی و ریشه دار در آمریکای جنوبی که هرگز در سطح اول فوتبال اکوادور سقوط نکرده است. بارسلونا برای حفظ ریشه های خود هر ساله از بسیاری از ستارگان فوتبال دنیا دعوت به عمل می آورد و در سال های اخیر، رونالدینیو، دیگو فورلان و اخیرا خاویر ماسکرانو از این قبیل ستاره ها بوده اند. ریشه ها و سنت هایی که اوتیمیو پرز در دهه 20 ایجاد کرد، با همان ابعاد در کالبد بارسلونا اس سی کماکان وجود دارد. ریشه ها و سنت هایی که به فرهنگ کاتالانیسم، مایل ها دورتر و در قاره ای دیگر گره خورده است.