به چند دلیل، طبیعت پر است از جاندارانی که به نظر می‌رسد برای تکمیل چرخه زندگی خود به طور ایده آل و بدون نقص، “مهندسی” نشده‌اند.
1 انتخاب طبیعی تنها قادر به عمل بر انواعی است که در جمعیت وجود دارد.
انتخاب طبیعی فقط می تواند فنوتیپ‌های شایسته‌تر را از میان فنوتیپ‌های فعلی موجود در جمعیت، انتخاب کند و این فنوتیپ‌ها لزوماً ویژگی‌های ایده‌آل ندارند. بنابراین بر حسب نیاز، الل‌های سودمند جدید به وجود نمی‌آیند.
2 فرگشت در حصار پیشینه تاریخی خود، محدود شده است.
هر گونه، وارث نسلی است که طی نسل‌های متمادی و در نتیجه‌ی وقوع اصلاحات در اشکال نیایی، به او رسیده است. فرگشت نمیتواند به طور کامل، اشکال و صفات اجدادی خود را از بین ببرد و ساختارهای جدیدی را به وجود آورد، بلکه به جای آن، تغییراتی را که در ساختارهای قبلی، در جهت سازش بهتر با محیط ایجاد می‌کند.
برای مثال، ما می توانیم تصور کنیم که بعضی از گونه‌های پرندگان، همانطور که از بال‌های‌شان برای پرواز سریع سود می‌برند، به جای دو پا، دارای چهار پا باشند تا بتوانند سریع‌تر بدوند. اما پرندگان از نسل خزندگان به شمار می‌روند که تنها دوجفت اندام حرکتی داشتند. در پرندگان، جفت اندام‌های حرکتی جلویی، تبدیل به اندام پروازی شده است و جفت اندام عقبی، برای حرکت روی زمین سازماندهی شده است.
3 سازگاری ها اغلب بر اساس سود و زیان تعیین میشوند.
هر جاندار باید اعمال مختلفی را انجام دهد. خوک‌های دریایی بخشی از زمانشان را بر روی صخره‌ها سپری می کنند، اگر این جانوران به جای باله‌های شنای خود، پا داشتند قطعا می‌توانستند راه بروند. اما از طرفی دیگر نمی‌توانستند به خوبی قبل شنا کنند.
ما انسان‌ها، توانایی زیادی در برداشتن اجسام با دست‌هایمان داریم و همچنین دارای پاهای انعطاف‌پذیری نیز می‌باشیم. اما این خصوصیات ما را برای عوارضی، چون پیچ خوردن دست و پا، پارگی زردپی و در رفتگی مفاصل، مستعد‌تر می‌سازد. بنابراین به خاطر داشتن چابکی و انعطاف‌پذیری، به ناچار، مقداری از استحکام ساختاری بدنمان ، کاسته شده است. همچنین صداهایی که یک قورباغه برای جلب توجه جفت از خود در می‌آورد ممکن است مهمانان ناخوانده‌ای را نیز از اطراف جذب کند که می‌تواند خفاشی باشد که به دنبال شکار غذا است.
4 انتخاب طبیعی، شانس و محیط بر یکدیگر برهم کنش دارند.
رویدادهای تصادفی روی تاریخچه فرگشتی بعدی جمعیت‌ها اثر می‌گذارند. به عنوان مثال، وقتی طوفانی می‌وزد، حشرات و پرندگان را صدها کیلومتر، از فراز یک اقیانوس به یک جزیره منتقل می‌کند. طوفان لزوماً گونه ها یا اعضای متعلق به یک گونه را که متناسب با محیط جدید هستند منتقل نمی‌کند، بنابراین همه الل‌هایی که در خزانه جمعیت جدید وجود دارند، الزاماً شایستگی بهتر و بیشتری نسبت به الل‌های قبلی برای زندگی در محیط جدید ندارند. علاوه بر این، شرایط محیطی در یک منطقه معین ممکن است به صورتی غیرقابل پیشبینی، از سالی به سال دیگر تغییر کند و شرایط محیطی جدید مجدداً برای تطابق کامل جاندار و محیط خود، محدودیت ایجاد نماید.
با این محدودیت‌هایی که ذکر شد، فرگشت نمیتواند جانداران کامل و بدون نقصی را به وجود آورد. انتخاب طبیعی فقط بر روی بهترین‌ها تاثیرگذار است و بنابراین ما می‌توانیم عیب‌های فراوانی را در جاندارانی که فرگشت می‌یابند، پیدا کنیم.
