استقلال در لیگ بیست و یکم توانست پس از پنج سال سلطه رقیب دیرینه بر فوتبال ایران، یک فصل تاریخی را ثبت کند. آبی‌ها با فرهاد مجیدی فصل را آغاز کردند و موفق به جابجایی بسیاری از رکوردهای تاریخ لیگ برتر شدند.
قهرمانی با ۶۸ امتیاز در ۳۰ بازی آن هم بدون حتی یک شکست یک فصل رویایی را برای آبی‌ها ساخت. استقلال در ۳۰ بازی لیگ بیست و یکم آمار ۱۹ برد، ۱۱ تساوی و صفر شکست را به دست آورد تا برای اولین بار در تاریخ لیگ برتر یک تیم بتواند جام طلایی (قهرمانی بدون شکست) را به دست آورد.
آبی‌ها با ۲۲ هفته صدرنشینی یک طرفه‌ترین قهرمانی تاریخ را از این حیث ثبت کردند. دیگر رکورد استقلال مربوط به گل خورده می‌باشد؛ استقلال در نیم‌فصل اول با ترکیب سیاوش یزدانی و محمدحسین مرادمند تنها پنج مرتبه دروازه خود را باز شده دید. در نیم فصل و با جدایی اجباری این زوج به علت سربازی، آبی‌ها با عارف غلامی و رافائل سیلوا نیز این روند را حفظ کردند و مجدد با پنج گل خورده در نیم فصل دوم و مجموعا ۱۰ گل خورده در یک فصل، رکورد ۱۴ گل خورده استقلال خوزستان را شکستند.
استقلال در خط دروازه با ۲۱ کلین‌شیت رکورد مشترک تاریخ لیگ را شکست و سیدحسین حسینی با ۱۹ کلین‌شیت آقای کلین‌شیت لیگ و رکورددار تمام ادوار لیگ برتر شد.
استقلال در مجموع تمام لیگ تنها دو مرتبه از رقبای خود عقب افتاد و تنها دو نیمه ۴۵ دقیقه‌ای را واگذار کرد که یکی از آنها مربوط به دربی برگشت می‌شود. از دیگر رکوردهای جالب آبی‌ها رکورد تقاضل گل +۲۹ است که این عدد رکورد تمام ادوار لیگ برتر محسوب می‌شود.
دو رکورد شخصی دیگر نیز در این فصل برای استقلال ثبت شد. اولین قهرمانی استقلال در لیگ برتر با شخصی جز امیر قلعه‌نویی و ثبت اولین گل خارجی‌های استقلال در دربی توسط رودی ژستد در دربی برگشت که قهرمانی آبی‌ها را از هفته‌ها قبل قابل پیش‌بینی کرد.
در پایان فصل و در جشن قهرمانی فرهاد مجیدی با گریه شایعه جدایی خود را آغاز و سرانجام با جدایی به اتحاد کلبا در امارات پیوست و ریکاردو ساپینتو پرتغالی جایگزین او در نیمکت استقلال شد.
