«وقتی که حاج ملاعلی کنی غله انبار داشت و مردم از گرسنگی می‌مُردند، من آذوقه عیال و خانه خودم را بیرون آورده قسمت به فقرا می‌کردم و او خرواری پنجاه تومان می‌برد و غله را به امید گران‌تر فروختن نمی‌داد و بندگان خدا تلف می شدند... حالا آنها،( ملاعلی کنی و یارانش)، حافظ شریعت و فدوی(من) مخرب دین است.
بخشی از نامه ی سپهسالار به ناصرالدین شاه پس موافقت با عزل وی به دستور ملا علی کنی
.
بیست سال پس از قتل امیرکبیر، میرزا حسین خان سپهسالار (نوه فتحعلی شاه) که صدراعظم ناصرالدین شاه بود، جا پای امیر نهاد و برای برقراری اصلاحات و تجدد در ایران کوشید اما دو گروه به مخالفت با او برخاستند.
برخی از اصلاحات وی تأسیس دارالشورای کبری، تأسیس پستخانه و انتشار تمبر پستی، تقویت دارالفنون، تأسیس مدرسه و مسجد سپهسالار، انتشار روزنامه‌های وقایع عدلیه، نظامی، مریخ، وطن و یک سالنامه، استخدام مشاورین و متخصصین اتریشی برای اصلاح امور مالی دولت و بهره‌برداری از معادن را از جمله اقدامات او برشمرده‌اند. او همچنین برای تعیین واضح حدود اختیار حکام و تکالیف آنان، قانون مجلس تنظیمات را در ۴۷ ماده به اجرا در آورد. در دوره او برای اولین بار کلاس‌های آزاد فیزیک، شیمی، زیست‌شناسی، پزشکی، تاریخ، جغرافیا و زبان‌های خارجه برای عموم دایر شد. او توانسته بود موافقت ناصرالدین شاه را برای امتیازنامه ناکام رویتر اخذ کند.
اولین گروه شاهزادگان و حکام ولایات بودند که با اصلاح قوانین، اولاً از امتیازات ویژه آنان کاسته می‌شد و در ثانی جلو دست‌درازی آنها به جان و مال و ناموس رعیت گرفته می‌شد و دیگر نمی‌توانستند مالیات‌های بی‌حساب و کتاب از کسی بستانند.
دومین گروه نیز برخی علما و روحانیون بودند که تجدد و نوگرایی را بی‌بندوباری و فساد می‌دانستند!
پُرنفوذترین و قدرتمندترین روحانی آن دوره حاج ملاعلی کنی بود که در نامه‌ای شکایت‌آمیز به ناصرالدین شاه از اقدامات و اصلاحات سپهسالار با عنوان «كلمه قبيحه آزادى» یاد می‌کند و می‌نویسد:(به نقل از فریدون آدمیت)
«كلمه قبيحه آزادی به ظاهر خيلى خوش‌نماست و خوب، اما در باطن سراپا نقص است و عيوب. اين مسأله برخلاف جميع احكام رسل و اوصياء و جميع سلاطين عظام و حكام والامقام است. این آزادی یعنی هركس هرچه بخواهد بگويد و از طريق تقلب و فساد، نهب اموال نمايد و بگويد آزادى است و شخص اول مملكت همه را آزاد نموده و در معنى به حالت وحوش برگردانيده، معلوم است نفوس بالطبع در طبیعت شیطانی، مایل به هوی و هوس و برآوردن متشبهات خودند. همین مایه بی‌نظمی و زیادی تاخت و تاز شده و هیچکس نمی‌تواند چاره کند»
سپهسالار وقتی این مخالفت‌ها را می‌بیند، برای آنکه ناصرالدین شاه را متقاعد سازد، به او پیشنهاد سفر فرنگستان می‌دهد تا شاه با دیدن کشورهای مترقی دنیا، با تجدد در ایران موافقت نمايد.
در سفر اول ناصرالدین شاه به اروپا سپهسالار صدراعظم نیز با او همراه می‌شود. سپهسالار در فرنگستان با یک مهندس راه آهن بلژیکی با نام بارون دونورمان قراردادی امضاء می‌کند جهت کشیدن خط آهن از رشت تا تهران.
اما به محض علنی شدن مفاد قرارداد، روحانیون به مخالفت با آن برخاستند. بار دیگر ملاعلی کنی به شاه می‌نویسد:
«ساختن راه آهن موجب می‌شود كه جماعات کفار فرنگی به ایران سرازیر شوند؛ با هجوم کفار فرنگی به بلاد ایران، علما و روحانیون ایران را ترک می‌کنند و دیگر هیچ عالم و روحانی در ایران باقی نمی‌ماند و اگر بماند هم جانی و نفسی ندارد كه با دیدن امورات قبیحه، وادینا و واشریعتا و وامصیبتا است!
در مورد قدرا ملا علی کنی و حساب بردن ناصرالدین شاه محمد علی کشیمیری در نجوم الاسما چنین می‌نویسد:
اینک حکم محکم ایشان مشابهت دارد. از سلطان و شاهزادگان و امرا کسی را جرأت آن نیست که بی‌اذن ایشان اقدام بر تکلم نماید یا بی‌مشورت ایشان اجرای مطلبی بنماید. امرای عصر حتی ناصرالدین‌شاه قاجار از وی خائف می‌بودند و شاه مذکور مکرر به خانه‌اش به جهت ملاقات می‌آمد
