بایرن مونیخ در فصل 1999-2000 توانست با کسب 73 امتیاز قهرمان مسابقات آن فصل شود.
بایر لورکوزن نیز در آن سال توانست 73 امتیاز بدست بیاورد و بایرن مونیخ در آن سال به علت تفاضل گل بیشتر از لورکوزن که فاصله اش 7 تا بود توانست عنوان قهرمانی را بدست بیاورد.
در این فصل کایزرسلاترن، تیمی که این فصل نایب قهرمان جام حذفی شد؛ نتوانست از عنوان قهرمانی خود در فصل قبل دفاع کند و در رتبه پنجم قرار گرفت.
در فصل 1998-99 علی دایی نیز همراه بایرن بود؛ اما در این فصل به هرتابرلین رفت که در پایان لیگ در رتبه ششم ایستاد.
به جز بایرن و لورکوزن تیم دیگری رقیب جدی قهرمانی حساب نمی شد و تیم سوم جدول، هامبورگ با تنها 59 امتیاز بود.
این قهرمانی یک قهرمانی واقعا دراماتیک و نزدیک بود. در هفته آخر یک تساوی برای بایر لورکوزن کافی بود تا اولین قهرمانی تاریخ خود در بوندسلیگا را جشن بگیرد؛ اما در کمال ناباوری بازی آخر خود را باخت و بایرن مونیخ قهرمان بوندسلیگا شد.
بایرن مونیخ در آن سال در لیگ قهرمانان اروپا، در نیمه نهایی مغلوب رئال شد و در جام حذفی نیز نتوانست عنوان قهرمانی را بدست آورد.
سرمربی بایرن در آن سال ها اوتمار هیتسفلد و سرمربی لورکوزن کریستوف دام بود.
