بعد از قهرمانی در جام حذفی سال 92-91 که با برد در ضربات پنالتی برابر پرسپولیس همراه شد سپاهانی ها دیگر هیچ گاه به فینال جام حذفی نرسیده اند.
به گزارش طرفداری، در 10 سال اخیر آنها 2 بار به نیمه نهایی مسابقات رسیده و هر 2 بار بازنده شده اند اما سپاهانی ها با 2 باخت در یک شانزدهم نهایی برابر نفت آبادان، بیشترین لطمه را از تیم خورده است، 3 بار حذف در یک هشتم نهایی، 2 بار حذف در یک چهارم نهایی و 3 بار حذف در نیمه نهایی حاصل عملکرد سپاهانی ها در این مدت بوده است.
1- در سال 92 در مرحله یک شانزدهم نهایی بعد از باخت 1-0 برابر نفت آبادان
2- در سال 93 در مرحله یک هشتم نهایی بعد از باخت 1-0 برابر گل گهر
3- در سال 94 در مرحله نیمه نهایی بعد از باخت به ذوب آهن در ضربات پنالتی
4- در سال 95 در مرحله نیمه نهایی بعد از باخت 1-0 برابر نفت تهران
5- در سال 96 حذف در یک شانزدهم بعد از باخت 1-0 به نفت آبادان
6- در سال 97 حذف در نیمه نهایی بعد از باخت 1-0 برابر پرسپولیس
7- در سال 98 حذف در یکچهارم بعد از باخت 2-0 برابر استقلال
8- در سال 99 حذف در یک چهارم نهایی بعد از باخت در ضربات پنالتی برابر فولاد
9- در سال 1400 حذف در یک هشتم بعد از باخت در ضربات پنالتی برابر آلومینیوم اراک
10- در سال 1401 حذف در یک هشتم نهایی بعد از باخت 4-2 برابر پرسپولیس