حزب نازی سال 1933 به قدرت رسید و تا سال 1945 تاثیر های زیادی بر ورزش آلمان گذاشت که اکثرا منفی و به ضرر کشور آلمان بودند.
بایرن به واسطه ی پس زمینه ی یهودی ای که داشت به همراه چند باشگاه دیگر مانند آینتراخت فرانکفورت به باشگاه های یهودی معروف شدند و بسیار در تنگنا قرار گرفتند.
قبل از آن دوره بایرن بهترین تیم پایتخت ایالت باواریا ، مونیخ و همینطور یکی از بهترین تیم های جنوب آلمان محسوب می شد.
لازم به ذکر است که در آن زمان تمرکز باشگاه های قدرتمند در جنوب آلمان بود و تیم های جنوبی فوتبال آلمان را تحت سلطه ی خود قرار داده بودند.
قهرمانی شهر مونیخ (1909-1902)
قهرمان: 1908, 1906, 1905, 1904, 1903, 1902
کرایسلیگا بایرن یا لیگ ایالت باواریا (1923-1909)
قهرمان: 1923, 1920, 1911, 1910
نایب قهرمان: 1918, 1917, 1913, 1912
بزیرکسلیگا بایرن یا لیگ ایالت باواریا (1933-1923)
قهرمان: 33–1932, 32–1931, 31–1930, 30–1929, 29–1928, 28–1927, 26–1925
قهرمانی جنوب آلمان (1898-1933)
قهرمان: 28–1927, 26–1925
نایب قهرمان: 32–1931, 29–1928, 11–1910, 10–1909
قهرمانی سراسری آلمان
قهرمان: 32-1931