شنکلی مربیگری را نیز از باشگاه کارلایل یونایتد آغاز کرد. او در فصل ١٩٤٨-٤٩ هدایت این تیم که ان زمان در قعر جدول دسته ی سوم حضور داشت را بر عهده گرفت. او به همراه این تیم نتایج بسیار خوبی گرفت و تا آستانه ی صعود به دسته ی بالاتر نیز پیش رفت. عملکرد خوب او باعث شد تا باشگاه لیورپول خواهان او شود اما شنکلی نتوانست مصاحبه ی باشگاه را پشت سر گذاشت و تصمیم گرفت تیم گریمسبی را مربیگری کند. دوران موفق شنکلی در گریمسبی نیز ادامه داشت اما پس از مدتی تصمیم گرفت برای تجربه ی چالش جدید و همچنین بازگشت به خانه سرمربی گری وورکینگتون را بر عهده بگیرد. شنکلی در این تیم مشکلات زیادی داشت و مجبور بود بسیاری از کارها اعم از نوشتن نامه و جواب دادن تلفن‌ها را خودش انجام دهد. سرانجام در نوامبر ١٩٥٥ شنکلی از سمت خود در این باشگاه کناره‌گیری کرد و به عنوان کمک مربی در هادرزفیلد مشغول به کار شد.
پس از سقوط هادرزفیلد به دسته یه پایین تر، مربی وقت آن تیم از سمت خود کناری‌گیری کرد و شنکلی جانشین او شد. جوانگرایی شنکلی باعث شد تا ستارگان زیادی از این تیم به دنیای فوتبال معرفی شوند. با این حال بسیاری از آن‌ها به تیم‌های دیگر فروخته میشدند و جانشینی برایشان خریداری نمیشد. همین مسئله باعث ناراحتی شنکلی شد و این مربی اسکاتلندی پس از دریافت پیشنهاد از لیورپول، از سمت خود استعفا کرد و راهی مرسی ساید شد.
دوران مربیگری در لیورپول ویرایش
شنکلی در سال ١٩٥٩ به عنوان مربی لیورپول محسوب شد؛ تیمی که در آن زمان پنجمین سال حضورش در دسته ی دوم را تجربه میکرد. شنکلی در ابتدا با سختی‌های زیادی مواجه بود اما رفته رفته علاقه اش به لیورپول بیشتر شد؛ مربیان و کادر فنی مجرب لیورپول که در آن زمان شامل بزرگانی چون باب پیسلی و جو فگان بود، روی بیل شنکلی تأثیر زیادی گذاشت.
در همان روزها، بیل شنکلی با کمک دستیارانش و با استفاده از تجربیاتی که از باشگاه‌های سابق و بازی‌های تمرینی به دست آورده بود، سبک بازی "پاس و حرکت" را ابداع کرد. او در ابتدای کار بازیکنانی درجه دو و ناکارآمد در اختیار داشت اما به مرور زمان توانست بازیکنانی چون راجر هانت، ایان سنت جان، رونی موران و ران ییتس را به ترکیبش اضافه کند و با استفاده از همین بازیکن‌ها در سال ١٩٦٢ به دسته ی اول صعود کرد. شنکلی در ادامه با اتکا به آکادمی لیورپول و خریدهای هوشمندانه اش، با قدرت به کارش در لیورپول ادامه داد و در فصل ١٩٦٣-٦٤ این تیم را برای ششمین بار قهرمان انگلستان کرد.
لیورپول با مربیگری بیل شنکلی برای اولین بار در سال ١٩٦٥ قهرمان جام حذفی شد. در همان سال نیز نخستین حضور در رقابت‌های اروپایی را تجربه کرد. آن‌ها در نیمه نهایی لیگ قهرمانان آن سال برای اولین بار با لباسی یکدست قرمز به مصاف اینتر رفتند و با نتیجه 3-1 این تیم را شکست دادند اما در دور برگشت از اینتر که در آن زمان هلنیو هررا را روی نیمکت مربیگری خود میدید، شکست خوردند و از رقابت‌ها حذف شدند.
شنکلی در ادامه دوران خوبی را در لیورپول سپری کرد؛ قهرمانی دوباره در دسته اول و حضور در فینال جام برندگان از جمله افتخارات او بود. یکی از بزرگترین نقاط قوت لیورپول در آن زمان، سیستم استعداد یابی بی نقص و عملکرد خوب در نقل و انتقالات بود. علاوه بر این، او از نظر روانی نیز تأثیر زیادی روی بازیکنانش داشت. برای مثال برای بالابردن روحیه بازیکنانش پیش از بازی‌های مهم، به آنان اعلام میکرد که بازیکن کلیدی تیم حریف مصدوم شده‌است.
فصل ١٩٧٢-٧٣ یکی از درخشان‌ترین فصل‌های تاریخ لیورپول بود. آن‌ها با بردن لیگ اروپا، نخستین جام اروپایی شان را کسب کردند و در همان فصل نیز قهرمان دسته اول شدند. به این ترتیب، لیورپول اولین تیم انگلیسی است که هم‌زمان قهرمان لیگ و جام اروپا شده‌است.
بیل شنکلی برای آخرین بار، در دیدار فینال جام حذفی مقابل نیوکاسل مربیگری لیورپول را بر عهده داشت. آن‌ها با نمایشی فوق العاده در نیمه ی دوم، این تیم شمالی را با سه گل شکست دادند.
