۹۸–۱۹۷۹ (از اف سی برایتنیگه تا اف سی هالیوود)
در خارج از زمین فوتبال، دهه هشتاد برای بایرن مونیخ دوره‌ای همراه با آشفتگی بود، باشگاه در این سالها تعداد زیادی از پرسنلش را تغییر داده بود و از مشکلات مالی نیز رنج می‌برد، اما در داخل زمین فوتبال درخشش پل برایتنر و رومنیگه باعث شده بود که بایرن مونیخ به اف سی برایتنیگه معروف شود، این دو با درخشش در مسابقات، بایرن را در فتح دو بوندس لیگای ۱۹۸۰ و ۱۹۸۱ یاری کردند بایرنیها در ادامهٔ این دهه در سالهای ۱۹۸۲ و ۱۹۸۴ جام حذفی فوتبال آلمان را فتح کردند و سال ۱۹۸۵ موفق شدند بوندسلیگا را فتح کنند، فصل ۸۶-۱۹۸۵ برای بایرن فصل خوبی بود و آنها دوگانه فوتبال آلمان (بوندس لیگا و جام حذفی) را فتح کردند، سال ۱۹۸۷ نیز موفق شدند از قهرمانی خود در بوندس لیگا دفاع کنند
بایرن در این سالها دو بار به فینال جام باشگاههای اروپا راه یافت اما هر دو بار در فینال شکست خورد و چیزی بیش از نایب قهرمانی عایدش نشد، سال ۱۹۸۲ استون ویلا با یک گل بایرن مونیخ را شکست داد و سال ۱۹۸۷ نیز پورتوی پرتغال موفق شد بایرن مونیخ را در فینال با نتیجه دو بر یک شکست دهد
سال ۱۹۸۷ یوپ هینکس سرمربی بایرن مونیخ شد، بایرن ِ تحتِ هدایتِ یوپ هینکس پس از یک فصل ناکامی موفق شد بوندس لیگا را در دو فصل متوالی (۸۹–۱۹۸۸ و ۹۰–۱۹۸۹)فتح کند، بایرنیها پس از فتح بوندس لیگای ۱۹۹۰ مدتی در کسب جام ناکام بودند، اما در ژانویه سال ۱۹۹۴ فرانس بکن‌باوئر سرمربی تیم شد و بایرن مونیخ را در فتح بوندس لیگای ۹۴-۱۹۹۳ رهبری کرد، بنا بر این بایرن مونیخ پس از چهار سال ناکامی موفق به کسب جام شد. پس از این قهرمانی، جووانی تراپاتونی و اتو رهاگل هر کدام تقریباً یک فصل سرمربی بایرن مونیخ شدند، در این دوره ستاره‌های بایرن به جای صفحات ورزشی در صفحات شایعات و حاشیه‌ای مطبوعات بودند و بنا بر این بایرن مونیخ به ((اف سی هالیوود)) مشهور شد
اواخر فصل ۹۶-۱۹۹۵ فرانس بکن‌باوئر مجدداً سرمربی بایرن مونیخ شد، بایرن مونیخ موفق شد در این فصل جام یوفا را با درخشش ستارگانی مثل یورگن کلینزمن و مهمت شول و لوتار ماتئوس فتح کند. در فینال آن مسابقات بایرن مونیخ در مجموع دو بازی رفت و برگشت با نتیجه پنج بر یک بوردوی فرانسه را شکست داد
جووانی تراپاتونی از ابتدای فصل ۹۷-۱۹۹۶ مجدداً سرمربی بایرن مونیخ شد و در سال اول بوندس لیگا را برای بایرن به ارمغان آورد، در فصل ۹۸-۱۹۹۷ بایرن مونیخ پس از دوازده سال جام حذفی فوتبال آلمان را فتح کرد اما در رقابت برای فتح بوندس لیگای آن فصل ناکام بود و بوندس لیگای ۹۸-۱۹۹۷ را کایزرسلاوترن فتح کرد و بنا بر این تراپاتونی برای دومین بار بایرن مونیخ را ترک کرد
