• ماجرا از لیگ دوم حرفه ای شروع شد. امیر از استقلال کنار گذاشته شد و برای نجات استقلال اهواز به این تیم رفت. دیدار رفت در ورزشگاه تختی برگزار و یک بر یک مساوی شد. هواداران استقلال تهران که از کخ ناراضی بودند روی دوش مربی حریف شال آبی انداختند!. بازی برگشت را استقلال اهواز 2 بر 1 برد و در لیگ ماند.
• 5 سال بعد در نیم فصل دوم لیگ هفتم امیر کار خود را از تیم بحران زده مس کرمان شروع کرد و در دیداری حساس 1-0 استقلال را برد و پس از سوت پایان بازی مشت گره کرده و معروف او در یادها ماند.
• قلعه‌نویی در لیگ نهم و دهم به اصفهان رفت و در ۲ سال حضور خود روی نیمکت سپاهان ۴ بار با استقلال دیدار کرد که در فصل اول دیدار رفت را با نتیجه یک بر صفر واگذار کرد ولی در دیدار برگشت ۲-۰ به پیروزی رسید و فصل بعد و در تقابل با استقلال مظلومی در یک دیدار دراماتیک و جذاب بازی رفت را با نتیجه ۴-۳ در ورزشگاه آزادی واگذار کرد و بازی برگشت با تساوی ۱-۱ به پایان رسید.
• در لیگ یازدهم قلعه‌نویی به تبریز رفت و روی نیمکت تراکتورسازی نشست. بازی رفت با نتیجه ۲-۰ به سود نماینده تبریز به پایان رسید ولی قلعه‌نویی در دیدار برگشت و در یادگار امام، با دو گل مجتبی جباری از روی نقطه پنالتی بازی را ۲-۰ واگذار کرد.
• در لیگ پانزدهم تنها حاصل حضور کوتاه مدت امیر روی نیمکت ملوان، دیدار حساس مقابل استقلال بود که با ۲ گل امید ابراهیمی، بازی را با نتیجه ۲-۰ واگذار کرد.
• قلعه‌نویی نیم فصل دوم لیگ پانزدهم را با بازگشت به تراکتورسازی آغاز کرد. در تنها دیدارش مقابل استقلال در نیم فصل دوم فصل پانزدهم که به دلیل تشدید اختلاف با رحمتی و عوامل استقلال، در یک بازی پرحاشیه که با درگیری لفظی او با رحمتی همراه بود، توانست با نتیجه ۳-۲ پیروز شود.
• قلعه‌نویی فصل شانزدهم را هم با تراکتورسازی آغاز کرد و در دیدار رفت خود با استقلال توانست با نتیجه ۲-۱ پیروز شود. این اولین تقابل قلعه‌نویی با استقلال تحت هدایت منصوریان بود و دیدار برگشت این دوره هم که در هفته بیست و هشتم در تبریز انجام شد با تکل گل محمد ابراهیمی در دقیقه ۸۷ تراکتورسازان به پیروزی رسیدند تا قلعه‌نویی، منصوریان را به اصطلاح دبل کند.
• در دیدار رفت فصل جاری و اولین تقابل قلعه‌نویی با استقلال روی نیمکت ذوب‌آهن در حالی که منصوریان شرایط خوبی را در جمع آبی‌پوشان سپری نمی‌کرد و بابت نتایج ضعیف زیر تیغ تیز انتقادات قرار داشت، تساوی ۲-۲ در ورزشگاه آزادی و فریاد خشم سکوهای استقلال تصمیم منصوریان را برای جدایی قطعی کرد. بازی برگشت را هم ذوب اهن با گل لحظات پایانی 2-1 برد.
پ ن : در سال 94 نیز در جام حذفی تراکتور قلعه نویی با نتیجه 2- 1 برابر استقلال مظلومی شکست خورد و حذف شد.
• حاصل 17 تقابل استقلال و امیر قلعه نویی 8 برد برای امیر و 5 برد برای استقلال و 4 تساوی بوده است.
