طرفدارى- دوازدهم سپتامبر 1990 به روزى تاريخى در فوتبال آلمان تبديل شده است، نه به اين دليل كه ماتياس سامر در اين روز و در پيروزى 2:0 آلمان شرقى مقابل بلژيك زننده هر دو گل تيم خود بود، بلكه به اين دليل كه اين بازى آخرين ديدار آلمان شرقى يا جمهورى دموكراتيك آلمان بوده است و نود و هشت روز بعد از چنين اتفاقى، ماتياس سامر موفق شد به عنوان اولين بازيكن از آلمان شرقى پيراهن تيم ملى آلمان را به تن نمايد. در واقع فرو ريختن ديوار برلين باعث تغييرات زيادى در زندگى ماتياس سامر شد، چون وى پس از اتحاد دو آلمان بلافاصله تيم شهر زادگاه خود دينامو درسدن را ترك نمود و به اشتوتگارت پيوست.
در سال 1992 او به اينتر ايتاليا پيوست اما با وجود كسب عنوان قهرمانى سرى آ با اين تيم، هرگز در ايتاليا دوران خوشى نداشت و بار ديگر به بوندسليگا و اين بار به دورتموند بازگشت. پيوستن او به دورتموند مقارن با ايجاد رنسانسى در اين باشگاه آلمانى بود، قابليت هاى فنى و روحيه مبارزه طلبى سامر او را به بازوى مستقيم سرمربى تيم در ميدان بدل نمود.
ماتياس سامر به عنوان رهبر تيم، دورتموند را به قهرمانى در بوندسليگا، ليگ قهرمانان و ليگ باشگاه هاى جهان رساند و تيم ملى آلمان را نيز با درخششى كه توپ طلا را براى او همراه داشت، به مقام قهرمانى در رقابت هاى يورو 96 رساند. مصدوميت بسيار شديد از ناحيه زانو تنها عامل توقف دوران درخشان فوتبال او بود، به طورى كه به دليل عفونت، حتى قطع پا نيز او را تهديد مى نمود. سامر در اين رايطه معتقد است:" اين مصدوميت باعث شجاع تر شدن من گرديده است، چون من عاشق فوتبال هستم."
او سپس براى چهار فصل هدايت دورتموند را بعه عنوان سرمربى بر عهده گرفت و توانست اين تيم را در سال 2002 به قهرمانى در بوندسليگا برساند. سپس او براى مدت كوتاهى به عنوان سرمربى اشتوتگارت برگزيده شد و بعد از آن از سوى فدراسيون فوتبال آلمان به عنوان مدير ورزشى انتخاب گرديد. در منصب جديد ماتياس سامر به اصلاح طلبى تبديل شد كه افكارى انقلابى در بخش كار با جوانان داشت كه فوتبال آلمان هنوز هم از آن بهره بردارى مى نمايد. در سال 2012 سران بايرن مونيخ، سامر را به عنوان مدير ورزشى باشگاه خود انتخاب نمودند و وظيفه او در اين مقطع بازگرداندن هر چه سريع تر بايرن مونيخ به دوران اوج بود.
تابستان 2012 هنگامى كه ماتياس سامر به مونيخ پيوست، تابستان تغييرات بزرگ بود. بايرن مونيخ به تازگى فينال خانگى ليگ قهرمانان را از دست داده بود و شرايط چندان مناسبى نداشت. براى از دست دادن چهره تيمى بازنده، مونيخى ها خيلى سريع بازيكنانى نظير ژردان شكيرى، ماريو ماندژوكيچ و دانته را جذب نمودند و بعد از آمدن ماتياس سامر، بايرن مونيخ خاوى مارتينز جچهل ميليون يورويى را نيز به كادر خود اضافه نمود.
بايرن مونيخ در فصل 2012/13 به موفقيتى تاريخى رسيد و توانست يك سه گانه فراموش نشدنى را كسب نمايد. سال بعد از چنين موفقيتى، بايرن مونيخ باز هم خود را تقويت نمود، پپ گوارديولا جانشين يوپ هاينكس شد، ماريو گوتسه به مبلغ 37 ميليون يورو از دورتموند و تياگو به مبلغ 25 ميليون يورو از بارسلونا خريدارى شدند. علاوه بر اين پيراميل هويبيرگ و يان كريشهوف به درخواست سامر به تيم اضافه شدند. اما ماريو گومز كه در زمان يوپ هاينكس غير قابل چشم پوشى به نظر مى رسيد و لوئيز گوستاوو، به دليل عدم تطبيق پذيرى با ايده هاى پپ گوارديولامجبور به ترك مونيخ شدند.
در سال 2014 بايرن مونيخ باز هم فعاليت بيشترى در بازار نقل و انتقالات داشت و براى جذب بازيكنانى نظير مهدى بن عطيه، خوان برنات و ژابى آلونسو 50 ميليون يورو سرمايه گذارى نمود. اما جذب روبرت لواندوفسكى به صورت بازيكن آزاد بى ترديد شاهكار ماتياس سامر به حساب مى آيد. سباستين روده و سينان كورت نيز با اصرار سامر به عنوان بازيكنان آينده دار به مونيخ آورده شدند. مهمترين نكته مبهم فعاليت هاى ماتياس سامر در اين سال ها اما بى ترديد صدور مجوز جدايى تونى كروس و جايگزينى او با ژابى آلونسوى مسن تر مى باشد.
از هنگام پيوستن سامر به بايرن مونيخ، همواره پرسش هايى در خصوص نقش وى در اين تيم مطرح بوده است. مطبوعات آلمانى در اين مدت زمان از وى به عنوان جستجوگر مشكلات، روشنفكر و يا هشدار دهنده لجباز ياد كرده اند، با همه اين مشخصات اما بى ترديد وى مهمترين دستيار پپ گوارديولا محسوب مى شود. او همواره نگاهى روانشناسانه و تحليلى به تيم داشته است و سعى دارد جريان هاى منفى در روند بازى تيم حتى در هنگام پيروزى را شناسايى نموده و برطرف نمايد تا تمركز تيم بر هم نخورد، سامر در حقيقت به نوعى وظيفه حفظ تعادل بين نفوذ آلمانى و اسپانيايى در تيم را دارد.
در مونيخ همه از عملكرد ماتياس سامر راضى هستند به طورى كه قرارداد او بسيار زودتر از موعد تا سال 2018 تمديد شده، ماتياس سامر براى رسيدن به موفقيت از هيچ كوششى فروگذار نيست و از روحيه پيروزى طلبانه اى برخوردار است كه آن را به تيم نيز منتقل نموده است. در حال حاضر وى با همكارى پپ گوارديولا در فكر ايجاد يك تغيير نسل نرم در بايرن مونيخ است، سينان كورت و يوشوآ كيميش در واقع سرمايه گذارى هاى سامر براى فردا هستند. هر چند كه پيدا كردن جانشينان مناسبى براى ريبرى، روبن، شواين اشتايگر و لام كارى بسيار دشوار به نظر مى رسد.