با این وجود فلیکس ماگات این بازیکن 26 ساله تیم الاهلی امارات را که در آن زمان زیر نظر وینفرد شفر در امارات بازی می کرد به بایرن آورد. کریمی که عنوان مارادونای آسیا را به خود اختصاص داده بود موفق شده بود در 85 بازی این تیم 49 گل به ثمر برساند با این حال بسیاری از هواداران به موفقیت وی در بایرن و تجدید قوا برای تیم خود شک داشتند.
جالب اینجاست که پس از انجام شدن و قطعی شدن این انتقال مسئولین باشگاه رئال هم اعلام کردند که وی را زیر نظر داشتند و تنها به علت تنبل بودن علی کریمی در تمرینات او را به خدمت نگرفتند.
کریمی در 33 بازی برای بایرن تنها 3 بار توانست 90 دقیقه ثابت در ترکیب اصلی بازی کند و در برابر مدافعین باهوش بوندسلیگا چندان موفق عمل نکرد . وی در سال 2011 در میان تعجب همگان مجددا توسط ماگات به شالکه انتقال یافت ولی در آنجا هم موفق نبود.
