طرفداری-گل‌محمدی در پرسپولیس نتایج بدی نگرفت، اما شکست در فینال جام حذفی، تمام کارنامه او را سیاه کرد.
اواسط آذرماه 91 بود که پرسپولیسی‌ها به کل امیدشان را از مانوئل ژوزه قطع کردند. این مربی پرتغالی که به قول رویانیان بین 100 مربی برتر جهان بود، سرمربی پرسپولیس شد تا به همراه جمعی از ستاره‌های گران‌قیمت فوتبال ایران سومین قهرمانی در لیگ برتر را به هواداران پرسپولیس هدیه بدهد. پرسپولیسی‌ها که از اواخر نیم فصل اول نشانه‌هایی از عدم توانایی ژوزه در نتیجه گرفتن با تیمشان را مشاهده کرده بودند، کم کم به فکر جذب یک دستیار ایرانی برای او افتادند؛ دستیاری که بتواند در موقع لزوم، به عنوان سرمربی روی نیمکت سرخپوشان بنشیند.
هم‌زمان با این اتفاقات، یحیی گل‌محمدی سرمربی صبای قم بدون دلیل خاصی حرف جدایی از تیم خود را زد و گفت که به دلایل شخصی دیگر نمی‌تواند در قم مربیگری کند. مدتی بعد، زمانی که یحیی از صبای قم جدا شد، رسانه‌ها از مذاکره یحیی با رویانیان خبر دادند و نوشتند که او به زودی دستیار سرمربی پرتغالی پرسپولیس می‌شود؛ و شاید هم به زودی جانشین او.
حالا یحیی مربی پرسپولیس بود. در کنار مانوئل ژوزه در تمرینات شرکت می‌کرد و روی نیمکت پرسپولیس می‌نشست. مدیران پرسپولیس هم خیالشان راحت بود که هر زمانی بخواهند می‌تواند ژوزه را برکنار کنند؛ بی‌آنکه وقفه‌ای در روند کاری تیمشان ایجاد شود. روزها گذشت تا لحظه موعود فرا رسید. تذکرات جدی به ژوزه، مرخصی رفتن مربی پرتغالی و در نهایت امضای حکم سرمربیگری موقت یحیی گل‌محمدی. حالا دیگر همه می‌دانستند یحیی سرمربی است. آن هم نه آن‌طور که مدیران پرسپولیس می‌گفتند سرمربی موقت، بلکه او سرمربی دائمی پرسپولیس شده بود و ژوزه دیگر جایی در این تیم نداشت. با این حال رویانیان اصرار به استفاده از واژه «سرمربی موقت» را داشت. بعدها خودش گفت به این دلیل که پول ژوزه را ندهند و این مربی نتواند از پرسپولیس شکایت کند که اخراجش کرده‌اند.
یحیی به عنوان یک مربی جوان ایرانی که سابقه حضور در پرسپولیس را هم داشته، وارد این تیم شد. بد هم نتیجه نگرفت. حداقل از ژوزه بهتر بود. مخصوصا در هفته‌های اول حضورش هواداران را امیدوار کرد. ژوزه در طول 17 مسابقه 6 باخت را به نام خود زده بود و یحیی گرچه تعداد بردهای زیادی نداشت، اما باخت‌هایش خیلی کمتر بود. او تیم را در رده‌های دو رقمی جدول تحویل گرفت و چهارشنبه که استعفا داد، پرسپولیس در رده ششم جدول حضور داشت. همین نشان می‌دهد او نسبت به ژوزه عملکرد بهتری داشته. همان‌طور که محمد پنجعلی می‌گوید، نقطه تاریک کارنامه یحیی بازی فینال جام حذفی است که هواداران انتظار یک قهرمانی را داشتند اما در نهایت تیمشان باخت. گرچه همین یک نقطه سیاه، تمام کارنامه گل‌محمدی را سیاه کرد.
یحیی در طول دوره سرمربیگری‌اش در پرسپولیس حاشیه‌هایی هم در اطرافش داشت. یکی از این حاشیه‌ها انتخاب دستیاران او بود. حضور وینکو بگوویچ در تمرین پرسپولیس با انتقادهایی همراه شد و پس از او هم انتقادها به سمتی دیگر جهت گرفتند و حاکی از آن بودند که منتقدان، کادر فنی گل‌محمدی را کم تجربه می‌دانند. زمزمه‌هایی هم مبنی بر اختلافات گل‌محمدی با بزرگان تیم که مهدوی‌کیا و علی کریمی بودند شنیده می‌شد. این شایعات زیاد از جانب هواداران پرسپولیس جدی گرفته نمی‌شدند تا آنکه مهدی مهدوی‌کیا در برنامه نود اشک ریخت و گفت که در پایان فصل خداحافظی می‌کند. او طوری صحبت کرد که بینندگان نود متوجه شدند مشکل مهدوی‌کیا ، سرمربی تیم است و نمی‌تواند با او کار کند. گرچه گل‌محمدی هم خیلی زود روی خط آمد و گفت که استعفا می‌دهد، اما او زودتر از آنچه تصور می‌شد استعفایش را پس گرفت تا ثابت شود حاضر نیست به راحتی سرمربیگری پرسپولیس را از دست بدهد. گرچه او خیلی زود استعفایش را فراموش کرد و به تمرین پرسپولیس برگشت، اما مهدوی‌کیا سر حرفش ماند و در پایان فصل خداحافظی کرد. اما این پایان داستان مهدی و یحیی نبود. ماجرای فینال جام حذفی و حضور 5 دقیقه‌ای مهدوی‌کیا در این مسابقه که از نظر برخی پیشکسوتان پرسپولیس در شان مهدی نبود، بار دیگر نشان داد گل‌محمدی با مهدوی‌کیا اختلافاتی داشته است. خداحافظی علی کریمی در پایان فینال جام حذفی هم دلیل دیگری بود بر اثبات اختلاف نظر گل‌محمدی با بزرگان پرسپولیس.
پس از این اتفاقات بود که داستانی دیگر هم شروع شد. در حالی که برخی از گل‌محمدی خواسته بودند استعفا بدهد، او گفت که به کارش در پرسپولیس ادامه خواهد داد اما خیلی زود نظرش برگشت و صبح روز چهارشنبه ناگهان استعفای خود را رسانه‌ای کرد. به فاصله کمتر از 10 ساعت، مدیران پرسپولیس هم با این استعفا موافقت کردند تا پرونده گل‌محمدی در پرسپولیس بسته شود. این وسط فقط مهدی مهدوی‌کیا بد خداحافظی کرد و علی کریمی زودتر از انتظارها کفش‌ها را آویخت.
